奇门遁甲起源轩辕黄帝大战蚩尤之时；当时我们的祖先黄帝和蚩尤在涿鹿展开一前所未有的一场大战，蚩尤身高七尺，铁头铜身刀枪不入，而且会呼风唤雨；在战场上制造迷雾，使得黄帝的部队迷失方向。
有一天晚上，三更半夜大家都在睡觉的时候，忽然，轩辕丘上传来惊天动地的声音以及非常强烈的光芒，惊醒了黄帝及众人。
大家匆匆忙忙的起床，跑过去一看，原来是有一支彩虹自天空中缓缓下降，从中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧着一个长九寸阔八寸的玉匣，黄帝接过来打开一看，里面有一本天篆文册龙甲神章；黄帝根据书里面的记载，制造了指南车，终于打败了蚩尤。
龙甲神章除了记载兵器的打造方法之外，还记载了很多行军打仗调兵遣将的兵法。于是黄帝要他的宰相风后把龙甲神章演绎成兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。
在姜太公的时候，就已经把一千零八十局的奇门遁甲，简化成了七十二局，这哪里是简化，分明是删减，把最重要的，最核心的东西去除了，只留下了一些次要的内容，当时的用意，肯定是怕真的奇门遁甲流传下去，因为奇门遁甲蕴藏的内容太惊人了，是神人所授之书。这七十二局传到了张良那里，竟然又被他直接删除到了十八局，这说明一个问题，张良认为七十二局的奇门遁甲所蕴藏的天机也太惊人了，怕被人掌握了而扰乱天机，所以精简到了十八局。流传到了诸葛亮手里，诸葛亮得到的是张良删减的十八局还是七十二局呢？这个问题，我像大家不难猜到，那应该未删减七十二局。
诸葛亮掌握了那么惊天的学问，当时的水镜先生就极力给刘备推荐诸葛亮，水镜先生是很有名的一位隐士。水镜先生司马徽其实应该叫好好先生，。《世说新语?言语篇》注引《司马徽别传》记载有他的趣事。就是说如果有人问某人某事好坏，他都皆说“好”，大有“好好先生”之嫌，连他的妻子也不解地劝他说，人家有所疑，才问你，你哪能一概说好呢!你这样一皆说好，并不是别人问你的本意呀!德操说：“像你这样说，也很好!”于是他有了好好先生之名。
司马徽虽然性格看上去很随和，其实是无比精明的一个人，到底谁行谁不行，他心里都有数，可以说他的城府很深，眼力惊人，并且不志在做官，刘备多次邀请他都被他拒绝了，所以这样一位隐士，极力给刘备推荐诸葛亮，说明司马徽通过给诸葛亮的交往，已经知道了这个其貌不扬的年轻人隐藏着惊天的才能，甚至有可能知道他就是奇门遁甲的传人。
司马徽在当时是非常有名气的，他的话，刘备当然相信，所以才有了后来的三顾茅，没有司马徽如此的推崇，刘备是不可能这样做的。
三顾茅庐后，诸葛亮正式辅佐刘备，才开始展现出了惊人的才能。可以说，刘备的江山基本上都是诸葛亮一手策划，一手打造的，要是没有诸葛亮，在很早的时期，刘备估计就被曹操吞噬了。 凡是持有奇门遁甲的军师，注定会有大动作的，而诸葛亮的尺度确实太大了，在道家的角度上看，已经达到了疯狂的程度。